La Puna de Atacama se encuentra dentro de un desierto muy árido; sus cursos de agua no llegan al mar, con excepción del río Loa que recorre 420 km (la mayor parte de su recorrido es fuera de la puna propiamente dicha, atravesando el desierto de Atacama) y desemboca en el océano Pacífico.
Sus quebradas son habitables recién bajo los 3.000 msnm, y están ecológicamente relacionadas con otras zonas proximas del Noroeste Argentino y el altiplano boliviano, de condiciones similares formando este ecosistema de la Puna seca.
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